E' l'anno 2016 d.C. Sul pianeta Cybertron la popolazione dei Transformers, robot viventi e senzienti che hanno la capacità di trasformarsi in veicoli, sta finalmente vivendo un'era di pace. Dopo millenni di guerra civile, infatti, sembra che le diverse fazioni abbiano raggiunto un punto d'accordo, e quindi anche le relazioni di Cybertron con gli altri pianeti sono migliorate.
In una delle città di questo mondo robotico, New Transform-City, vive la famiglia Evangelion. Deathsky Evangelion, un Transformer appartenente alla fazione Neutrale, lavora come ambasciatore per il Reparto di Difesa Interplanetaria, un'istituzione governativa che si occupa delle relazioni interplanetarie, e il cui scopo è anche quello di mantenere la pace sul pianeta e difendere qualsiasi essere si trovi in pericolo.
Deathsky sa che il suo figlio più piccolo, 01, desidera intraprendere la sua stessa carriera in futuro, perciò si accorda con il suo comandante, Vortex, per organizzare una visita al Reparto di Difesa. Il robot decide di portare anche gli altri due figli, 02 e 03, che però non sembrano così entusiasti.
Durante l'incontro, il comandante Vortex informa Deathsky e i suoi figli dell'arrivo inatteso dei Quintesson, una specie aliena con la quale i cybertroniani non hanno avuto contatti da più di cinquant'anni, e del terrificante messaggio che hanno lasciato per il loro popolo: sarebbero ritornati per conquistare Cybertron ed avrebbero distrutto l'intera razza cybertroniana.
In pochi giorni scoppia il conflitto: i Quintesson, spalleggiati da alleati e spie Decepticon e Predacon, attaccano Cybertron e commettono massacri in tutte le città, organizzando in particolare vere e proprie persecuzioni contro i robot Transorganici, ossia quella particolare minoranza della popolazione cybetroniana il cui corpo è metà meccanico e metà organico.
Deathsky decide di abbandonare il suo ruolo di ambasciatore, inutile ormai, e si unisce all'Armata del Reparto di Difesa, portando i suoi figli e sua moglie al quartier generale nel tentativo di proteggerli. Tuttavia, nonostante le forze del Reparto di Difesa siano ben equipaggiate contro gli attacchi, i Quintesson riescono a penetrare nella base grazie alle loro potenti armi.
Ahila, la moglie di Deathsky, la cui sola colpa è di essere una cybertroniana Transorganica, viene uccisa per mano di un Quintesson di nome Kaohl mentre cerca di proteggere suo figlio 01. Deathsky, gravemente ferito e addolorato per la perdita di sua moglie Ahila, riesce a trovare le forze per portare i suoi figli all'hangar delle navette di salvataggio. Una volta lì, Deathsky ordina ai ragazzi di entrare nelle navette mentre egli immette le coordinate per la fuga nei loro computer attraverso un pannello di comando esterno, e le lancia nell'atmosfera, in direzione della Terra, unica speranza per la salvezza dei tre ragazzi.
Una volta compiuto il suo dovere di padre, Deathsky cerca di tornare sul campo di battaglia, ma riceve il colpo di grazia da un Quintesson che lo aveva pedinato. Almeno, era riuscito a salvare i suoi figli.

Durante il viaggio della salvezza, le navette dei tre giovani robot vengono improvvisamente risucchiate in un buco luminoso (un tunnel inter-dimensionale), per poi riapparire davanti ad un pianeta blu, probabilmente la Terra. Tuttavia le tre navette non restano in orbita a lungo, a causa della perdita d'energia, e si schiantano sul pianeta, in tre direzioni differenti.

E' l'anno 2016 d.C. sulla Terra. Solo un anno prima, gli Angeli erano tornati e la razza umana, per difendersi dai loro attacchi, aveva creato delle invincibili macchine umanoidi: gli Evangelion. Ma ora, gli esseri umani avevano vinto contro gli Angeli, il mondo era tornato a vivere dopo lo spaventoso e insieme rivelatore Third Impact, e la vita sta lentamente tornando alla normalità. Uno degli ex-piloti degli Evangelion è Shinji Ikari, un timido ragazzo di quindici anni orfano di madre, e il cui padre è un uomo freddo e spietato che non si cura dei suoi sentimenti.
Shinji vive con Misato Katsuragi, ex-comandante degli Evangelions. Costei è anche la tutrice di Shinji, e si prende cura di lui come se fosse sua madre. Una sera, sulla via del ritorno dopo una giornata passata alla Nerv (l'organizzazione che aveva il compito di distruggere gli Angeli, ed ora un istituto di ricerca per la vita aliena e un centro d'addestramento per investigatori), i due notano uno strano shuttle nella periferia di Neo Tokyo-3. Presi dalla curiosità e dalla preoccupazione tempo stesso, essi si avvicinano per esaminare il veicolo, e si accorgono che sul portello sono presenti strani simboli, simboli che non sembrano appartenere a nessuna nazione terrestre. Quando Misato appoggia una mano sul portello, questo di apre da solo senza preavviso, mostrando il pilota... un Evangelion????